Der älteste Sohn Franz Xaver kam zum Studium nach München und wurde königlich bayerischer Hof- und Leibapotheker in München. Dieser Mann sollte noch eine bedeutsame Rolle im Leben des jungen Max Pettenkofer spielen. Max besuchte auf Kosten dieses Onkels in München das Gymnasium, praktizierte bei ihm als Apothekereleve, studierte dann an der Universität München Medizin, Naturwissenschaft und Pharmazie und konnte erstaunlicherweise 1843 seine Approbation als Apotheker und gleichzeitig seine Promotion zum Doktor der Medizin, Chirurgie und Geburtshilfe schaffen.
Er wurde 1847 Professor für medizinische Chemie an der Universität München, ein Fach, dem man bisher keine Professur eingeräumt hatte. Diese Tätigkeit wurde zu Grundlage seiner Lebensarbeit, der auf streng wissenschaftlichen Forschungen aufgebauten Hygiene, für welche 1878 ein eigenes Institut neu eingerichtet wurde.
Ehrungen blieben nicht aus:
1883 Verleihung des persönlichen Adels
1890 Präsident der bayer. Akademie der Wissenschaften
1896 Prädikat "Exzellenz"
Orden der höchsten Klassen aus vielen Ländern der Welt wurden ihm verliehen, und die vielfachen Ernennungen zum Ehrendoktor von Universitäten und Akademien zeigen seine überragende Bedeutung.
Seine genialsten epochemachenden Leistungen hat Pettenkofer auf dem Gebiet der Hygiene erzielt.
In seinem 83. Lebensjahr erschoß sich Pettenkofer in der Nacht vom 9. auf 10. Februar 1901 in seiner Wohnung in der Münchner Residenz. Als Motiv wird angenommen, daß er Angst vor geistiger Umnachtung hatte, außerdem litt er bereits seit Monaten an einer schweren Halsentzündung.